Научно-исследовательский институт агроэкологии (НИИАЭ) Горского государственного аграрного университета (ГГАУ) был учрежден приказом министра сельского хозяйства и продовольствия РФ за № 324 от 22 ноября 1995 года.
Он состоит из восьми отделов и опытно-селекционной станции, которые возглавляются ведущими учеными агрономического, экономического, зооинженерного факультетов и частично факультетов механизации и электрификации с.-х. производства. Среди них 14 докторов наук, профессоров, 28 кандидатов наук, доцентов, 12 ассистентов и 16 человек вспомогательного персонала. Директором института является заслуженный работник высшей школы РФ, профессор Газданов А.В.
1. Отдел экологии агроландшафтов (рук. к. с.-х. наук, доцент Газданов А.У.);
2. Отдел охраны почвенного плодородия и изучения биологических основ получения экологически чистой с.-х. продукции состоит из трех подотделов, которыми руководят доктора наук, профессора Дзанагов С.Х., Адиньяев Э.Д. и Фарниев А.Т.;
3. Отдел охраны и воспроизводства водных ресурсов (рук. д. хим. наук, профессор Калоев Н.А.);
4. Отдел горного садоводства и овощеводства (рук. д. с.-х. наук Цаболов П.Х.);
5. Отдел механизации и электрификации аграрных природозащитных технологий (рук. к. тех. наук, профессор Калаев С.С.);
6. Отдел экономики и организации природопользования (рук. д. экон. наук, профессор Басаев Б.Б.);
7. Отдел изучения влияния экологических факторов на технологические и пищевые качества говядины и молока (рук. д.с.-х.наук, профессор Тезиев Т.К.);
8. Опытно-производственный плодопитомник (рук. с.н.с. Томаев А.А.);
9. Опытно-селекционная станция (с.н.с. - Байсангуров Э.К.).
С 1995 г. по настоящее время научные работники института опубликовали более 1100 научных статей и 10 монографий по результатам исследований, где даны материалы по охране плодородия почв и окружающей Среды. Кроме того, в 2000 г. проведена международная конференция по вопросам экологии, по материалам которой изданы "Тезисы докладов международной научно-практической конференции "Экологически безопасные технологии в с.-х. производстве XXI века". - Владикавказ: изд-во Горский госагроуниверситет, 2000.
В своей научной деятельности ученые института тесно сотрудничают с крупнейшими научными центрами Северного Кавказа, Москвы и Санкт-Петербурга. Заключены договора о научном сотрудничестве с Краснодарским НИИСХ и СКЗНИИПиВ.
С Краснодарским НИИСХ выведено более 50 гибридов кукурузы, два из которых уже районированы на Северном Кавказе (РОСС 407 MB и РОСС 387 СВ), другие проходят сортоиспытание.
С СКЗНИИПиВ проводится сортоизучение мировой коллекции плодовых культур в различных почвенно-климатичеcких условиях Центрального Предкавказья.